Майзелова синагога была построена в 1590-1592 на личные средства одного из богатейших людей того времени, главы еврейского сообщества Мордехая Майзеля. Помимо своего ума, просвещенности и положения Майзель прославился ещё и как щедрый меценат, спонсировавший строительство нескольких синагог, еврейской ратуши, а также ряда учебных заведений, больниц и дорог еврейского квартала.
Построенная им в стиле Ренессанса с элементами готики Майзелова синагога стала настоящим шедевром архитектуры того времени. Говорят, что евреи со всей Богемии съезжались в Прагу, чтобы полюбоваться её великолепием.
С тех времен Майзелова синагога неоднократно страдала в огне пожара. Считается, что после многочисленных ремонтов, она потеряла почти треть (!) своей длины и теперь уже не так прекрасна, как во времена своего создателя. Последняя реконструкция проводилась в этом здании в 1860-х годах. Тогда фасаду синагоги придали стиль неоготики.
В наши дни Майзелова синагога уже не используется в качестве молельного дома, а является одной из экспозиционных площадок Пражского еврейского музея.
