Упоминания о ещё деревянной церкви Спаса Преображения на Городу впервые встречаются в летописях XV века. Во время большого пожара в 1658 году она сгорела, а на её месте возвели каменный храм. Внешне он напоминает церковь Иоанна Златоуста в Коровниках, потому как строился по его образцу. В 1693 году меньше чем за месяц стены церкви Спаса Преображения на Городу расписали фресками.
Со временем храм достраивали и перестраивали, добавляя приделы и обновляя иконопись. В 1918 году для церкви начались печальные времена. Сначала она сильно пострадала от белогвардейского мятежа, но прихожане довольно быстро собрали средства на реставрационные работы. Однако после 1926 года приход закрыли, передав церковь краеведческому музею.
Долгое время в ней размещались складские помещения, и лишь с началом 90-х годов храм постепенно принялись восстанавливать: заделали трещины, обновили фасады, водрузили золочёные кресты на купола. В июле 2003 года Церковь Спаса Преображения на Городу перешла в ведение Ярославской епархии.
